Publikation zur genetischen Vielfalt der europäischen Kartoffel
© Stephan Geiger
Zusammen mit einem Team von Forschenden haben die CEPLAS-Mitglieder ein phasenweise aufgebautes Pan-Genom der tetraploiden europäischen Kartoffel erstellt, wobei sie die Genome von zehn historischen Sorten verwendeten. Sie erfassten etwa 85 % der in europäischen Kartoffeln vorhandenen Haplotypenvielfalt und entdeckten eine außergewöhnlich hohe Sequenzvielfalt (etwa 20-mal größer als beim Menschen), identifizierten aber nur relativ wenige unterschiedliche Ausprägungen von Haplotypen, was wahrscheinlich auf Domestikation und historische genetische Engpässe zurückzuführen ist. Anschließend wandelten die Forschenden das Pan-Genom in ein Haplotypen-Diagramm um, das eine genaue Rekonstruktion des Kartoffelgenoms nur mit Hilfe von Short-Read-Sequenzierungsdaten ermöglicht. Außerdem erstellten sie eine neuartige genetische Karte, die die Erforschung und Untersuchung der Kartoffel-DNA einfacher und kostengünstiger macht.