Planter’s Punch
Unter der Rubrik Planter’s Punch wird jeden Monat ein bestimmter Aspekt des CEPLAS-Forschungsprogramms vorgestellt. Alle Beiträge werden von Mitgliedern der Graduiertenschule und des Postdoc-Programms erstellt.
Über den Autor
Simon Zumkeller ist Postdoc in der Gruppe von Jędrzej Jakub Szymański am Forschungszentrum Jülich. Er ist Experte auf dem Gebiet der Pflanzenwissenschaften und verbindet Erfahrungen in molekularbiologischem Experimentieren mit maschinellem Lernen, um systematisch zu erforschen, wie Pflanzen ihre Gene regulieren. Durch das Training erklärbarer KI auf der Grundlage von Multi-Omics entwickelt er interpretierbare Methoden, um Anpassung und Evolution zu verstehen. Simon ist ein erfahrener Redner, Autor und Kooperationsparter innerhalb von CEPLAS sowie der Systems Biology and Modeling Group.
Zum Nachlesen
Peleke, Fritz Forbang, Simon Maria Zumkeller, Mehmet Gültas, Armin Schmitt, and Jędrzej Jakub Szymański (2023). Deep Learning the Cis-Regulatory Code for Gene Expression in Selected Model Plants. Researchsquare. doi: 10.21203/rs.3.rs-2873437/v1
Avsec, Žiga, Vikram Agarwal, Daniel Visentin, Joseph R. Ledsam, Agnieszka Grabska-Barwinska, Kyle R. Taylor, Yannis Assael, John Jumper, Pushmeet Kohli, and David R. Kelley. (2021) Effective Gene Expression Prediction from Sequence by Integrating Long-Range Interactions. Nature Methods 18 (10): 1196-1203. doi: 10.1038/s41592-021-01252-x
Holst, F., A. Bolger, C. Günther, J. Maß, F. Kindel, and S. Triesch (2023). Helixer—de Novo Prediction of Primary Eukaryotic Gene Models Combining Deep Learning and a Hidden Markov Model. bioRxiv 2023.02.06.527280; doi:10.1101/2023.02.06.527280