Einblicke in das pflanzliche Protistbiom
Die meisten Menschen sind mit der Einteilung von eukaryotischen Lebewesen in Tiere, Pflanzen und Pilze vertraut, doch die Gruppierung “Protisten” ist weniger bekannt. Unter dem Begriff Protisten werden alle eukaryotischen Organismen zusammengefasst, die einzellig sind. Die neu erschienene Publikation “Protists are an integral part of the Arabidopsis thaliana microbiome” zeigt deutlich, welche Bedeutung Protisten für Pflanzen haben.
Die Erstautorin und CEPLAS Postdoc <link internal-link internen link im aktuellen>Melanie Sapp und die Koautoren <link _blank internal-link internen link im aktuellen>Laura Rose, <link _blank internal-link internen link im aktuellen>Michael Bonkowski (beide CEPLAS PIs), Sebastian Ploch (CEPLAS Alumni) und Anna Maria Fiore-Donno haben die Modellpflanze Arabisdopsis thaliana verwendet (angepflanzt in zwei unterschiedlichen Böden), um die Assoziation von Protisten mit Pflanzen genauer zu untersuchen. Es wurden Proben von den Blättern, Wurzeln und Böden genommen, auf Basis derer die Protisten, die mit der Pflanze assoziiert sind, identifiziert wurden. Im Rahmen dieser Publikation lag der Fokus auf den Protistenstämmen Oomycota, bei denen es sich um Pilz-ähnliche Eukaryoten handelt und Cercozoa, welche Flagellaten und amoeben-ähnliche Organismen einschließen . Die Identifizierung der verschiedenen Protistenarten wurde mit der Methode DNA Metabarcoding durchgeführt, bei der taxonomisch informative genetische Marker, z.B. das 18S rRNA Gen für Cercozoa verwendet werden, um jeweils die genaue Art zu bestimmen.
Den Autoren ist es gelungen, zahlreiche Protisten, die mit Arabidopsis thaliana assoziiert sind, zu identifizieren und zu charakterisieren. Die Ergebnisse deuten darauf hin, dass die Gemeinschaften räumlich strukturiert sind und dass sie sich an spezifische Nischen anpassen.
Außerdem konnten sie zeigen, dass edaphische Faktoren, z.B. die Struktur oder die chemischen Eigenschaften des Bodens, einen starken Einfluss auf die Protisten in der Rhizosphäre (der Bereich der Pflanze unter der Erde)
haben, aber nicht auf die Protisten in der Phyllosphäre (der Bereich über der Erde). Analog zu dem Terminus Mikrobiom, der alle Mikroorganismen beschreibt, die an oder in einem Wirt leben, haben die Autoren die Bezeichnung „pflanzliches Protistbiom“ eingeführt, das alle Protisten beschreibt, die an oder in einer Pflanze leben.
Vollständige Publikation:
Sapp M, Ploch S, Fiore-Donno, Bonkowski, Rose (2017) <link https: www.ncbi.nlm.nih.gov pubmed _blank external-link-new-window internal link in current>Protists are an integral part of the Arabidopsis thaliana microbiome. Environ Microbiol. doi: 10.1111/1462-2920.13941. [Epub ahead of print]